Hlavné pojednávanie sa začína zhodne ako sa začínalo aj za právnej úpravy účinnej do 31.12.2005 a to tak, že predseda senátu (samosudca) oznámi vec, ktorá bude prejednávaná. Jediným rozdielom je zmena pojmov, keď pojem "otvorí" uvedený v ustanovení § 205 ods. 1 TP účinného do 31.12.2005 nahradil pojem "začína" uvedený v § 255 ods. 1 TP Nie je zrejmé, čo viedlo zákonodarcu k tomu, že zmenil tieto pojmy a ani dôvodová správa k Trestnému poriadku účinnému od 1.1.2006 neuvádza nič z čoho by sa dalo usudzovať na zmenu zaužívanej terminológie. Predseda senátu (samosudca) by preto pri začatí hlavného pojednávania mal použiť pojem "začína", avšak ak sa tak nestane a predseda senátu použije pojem "otvára" (respektíve takýto pojem je uvedený aj priamo v zápisnici z hlavného pojednávania) nejde o žiadne procesné pochybenie, keďže hlavné pojednávanie je začaté neformálnym oznámením veci a je bez významu, či sa pritom vyslovene použije pojem "otvára" alebo "začína".
Potom ako predseda senátu neformálnym spôsobom začne hlavné pojednávanie (ide v podstate o jednu vetu, ktorou sa oznámi vec, ktorá bude prejednávaná s tým, že sa vychádza z podanej obžaloby a vec sa oznámi tak, že sudca uvedenie právnu kvalifikáciu skutku z obžaloby ako aj meno a priezvisko obžalovaného, na ktorého bola podaná obžaloba), už nie je možné rozhodnúť postupom podľa § 241 TP, respektíve podľa § 244 TP. Spôsob rozhodovania podľa týchto ustanovení je viazaný len na štádium, ktoré predchádza hlavnému pojednávaniu, t.j. podľa uvedených ustanovení sa dá rozhodnúť len v štádiu konania pred súdom, ktoré sa týka preskúmania a predbežného prejednania obžaloby. Vec už nemožno rozhodnúť ani trestným rozkazom, avšak ak už bol trestný rozkaz vydaný a hlavné pojednávanie bolo nariadené, pretože bol voči trestnému rozkazu podaný oprávnenou osobou a v zákonnej lehote odpor, možno ešte v tejto fáze hlavného pojednávania (do prednesenia obžaloby prokurátorom) vziať odpor právne účinne späť. Ak sa tak stane a samosudca vezme späťvzatie odporu na vedomie uznesením podľa § 355 ods. 9 TP (postačí uvedenie uznesenia do zápisnice o hlavnom pojednávaní, netreba ho ešte aj osobitne vyhotovovať), tak trestný rozkaz nadobúda právoplatnosť a hlavné pojednávanie sa tým končí.
V takýchto prípadoch je preto vhodné, aby samosudca zistil hneď po začatí hlavného pojednávania (resp. ešte pred jeho začatím), teda pred tým, ako bude zisťovať prítomnosť všetkých osôb a dodržanie lehoty na prípravu, či osoba, ktorá odpor podala na ňom aj naďalej trvá. Samosudca, nie je oprávnený zisťovať prečo oprávnená osoba nechce vziať späť odpor podaný proti trestnému rozkazu. Ak sa osoba, ktorá odpor voči trestnému rozkazu podala, vyjadrí, že na ňom trvá, samosudca vyjadrenie zaprotokoluje a ďalej pokračuje v hlavnom pojednávaní. Ani ostatné strany, ktoré odpor nepodali, nie sú oprávnené spytovať sa osoby, ktorá odpor podala, prečo ho podala, respektíve prečo na jeho podaní trvá, a ak sa tak stane, musí samosudca takýmto otázkam zamedziť.
V ďalšom priebehu hlavného pojednávania predseda senátu musí zisťovať prítomnosť osôb, ktoré boli na hlavné pojednávanie predvolané alebo boli o ňom upovedomené. Prítomnosť zisťuje predseda senátu tak, že vyvolá mená osôb, ktoré boli predvolané (napríklad obžalovaného, svedkov) a ak sú prítomné tak si vyžiada ich doklad totožnosti (spravidla občiansky preukaz, prípadne cestový doklad, avšak môže ísť aj o služobný preukaz, či potvrdenie o strate občianskeho preukazu a podobne). Zisťuje aj prítomnosť upovedomených osôb (obhajcu, prokurátora). Nie je nevyhnutné, aby predseda senátu žiadal doklad totožnosti od osôb, ktoré už pozná z vlastnej rozhodovacej činnosti. Napríklad prokurátor, ktorému boli pridelené veci na konkrétny pojednávací deň nebude preukazovať svoju totožnosť po začatí hlavného pojednávania v každej jednej veci a ak na konkrétnom súde s konkrétnymi sudcami pojednáva prokurátor dlhšiu dobu, nemusí totožnosť preukazovať vôbec, nakoľko je predsedovi senátu jeho totožnosť známa (tak to bude aj napr. s obhajcami alebo znalcami).
V rámci overovania totožnosti je vhodným, aby predseda senátu zisťoval aj totožnosť ostatných osôb, ktoré sa na hlavné pojednávanie dostavili a neboli naň predvolané, respektíve o ňom upovedomené, keďže by mohlo ísť o osoby, ktoré by mohli prichádzať do úvahy ako svedkovia (v praxi sa stáva, že napr. rodinní príslušníci obžalovaného, či poškodeného prídu na hlavné pojednávanie ako verejnosť, avšak neskôr, počas dokazovania, sa zistí potreba, vypočuť ich k veci). V takýchto prípadoch, by mal predseda senátu postupovať podľa § 261 ods. 2 veta prvá TP Z uvedeného vyplýva určitý rozpor medzi zásadou verejnosti súdneho konania (t.j. zásady, že každý sa ako verejnosť môže zúčastniť na hlavnom pojednávaní bez toho, aby bola zisťovaná jeho totožnosť) a zásadou, aby ešte nevýsluchnutý svedok nebol v pojednávacej miestnosti pri výsluchoch obžalovaného, či svedkov a nebola tak ovplyvnená jeho následná svedecká výpoveď. V tomto prípade by však zásada náležitého zisťovania skutkového stavu veci mala mať prednosť pred zásadou verejnosti, ktorú možno obmedziť tak, že predseda senátu neformálne zistí, či ostatné osoby, ktoré sa nachádzajú v pojednávacej miestnosti neprichádzajú do úvahy ako svedkovia, prípadne si k tomu vyžiada aj vyjadrenia strán. Napokon, súdne konanie sa síce koná verejne, avšak nie kvôli verejnosti.
Problematickými sú prípady, ak napríklad predvolaná osoba nepredloží žiadny hodnoverný doklad totožnosti (uvedie, že ho stratila, či zabudla). Ak konajúci predseda senátu nepozná túto osobu (napr. obžalovaného alebo svedka) z vlastnej rozhodovacej činnosti